Conference publications

Abstracts

XV conference

Role of protein charges in the interaction between ferredoxin and ferredoxin-NADP+ reductase.

Diakonova A.N., Abaturova A.M., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Gromov P.A.¹, Grachev E.A.

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Биологический ф-т, каф. Биофизики, Россия, 119992, Москва, Ленинские горы, МГУ

¹Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Физический ф-т, Россия, 119992, Москва, Ленинские горы, МГУ

1 pp.

Белок ферредоксин (Фд) служит конечным акцептором фотосистемы I в электрон-транспортной цепи фотосинтеза. Он диффундирует в стромальном пространстве тилакоида хлоропласта и взаимодействует с белком ферредоксин:НАДФ⁺-оксидоредуктазой (ФНР), передавая ей электроны. ФНР, в свою очередь, катализирует восстановление НАДФ⁺ для цикла Кальвина. Целью нашей работы является прямое компьютерное моделирование диффузии Фд и его взаимодействия с ФНР. Мы рассматривали Фд и ФНР из бактерии Anabaena, кинетические данные их реакции были взяты из работы [1].

В модели молекулы Фд и ФНР представлются как твердые тела с определенным распределением зарядов на них, они совершают поступательное и вращательное движение в вязкой среде под действием случайной и внешней электростатической силы [2]. Для определения коэффициентов вязкого трения молекулы белков были аппроксимированы эллипсоидами вращения. Также для упрощения моделирования столкновения Фд и ФНР они были аппроксимированы набором сфер.

Для Фд, ФНР и нескольких точечных мутантов последней нами были построены их электростатические эквипотенциальные поверхности. Изменение формы эквипотенцильных поверхностей мутантных форм ФНР и сопоставление этих результатов с кинетическими константами образования комплекса между Фд и ФНР выявило важную роль точечных зарядов во взаимодействии исследуемых белков.

• view as PDF