|
Conference publicationsAbstractsXV conferenceАнализ и моделирование расщепления ДНК ультразвукомИнститут молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, Москва, ул. Вавилова 32, 499 135 10 92, nech@eimb.ru Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Физический факультет, Россия, 119899, Москва, Воробьевы Горы, nechidimka@mail.ru Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Россия, 119899, Москва, Воробьевы Горы Институт теоретической и экспериментальной биофизики, Россия, 142290, Московская область, Пущино, polrob@mail.ru 1 pp.Анализ картины расщепления молекул ДНК под воздействием ультразвукового облучения водных растворов позволяет выявить структурные и динамические свойства двойной спирали ДНК. Частота разрывов межнуклеотидных связей, возникающих под действием ультразвука, зависит как от типа образующих их нуклеотидов, так и от их ближайших соседей. Нами были получены оценки частот разрывов в каждом из 16 динуклеотидов. Оказалось, что в димерах 5’-d(СрG)-3’, 5’-d(СрА)-3’ и 5’-d(СрТ)-3’ разрывы происходят значительно чаще, чем в остальных, и частота разрывов в ряде случаев существенно зависит от ближайших соседей. Из проведенного статистического анализа следует, что двухспиральные разрывы могут происходить со сдвигом в несколько нуклеотидов. Проанализированы физические предпосылки, которые могут приводить к полученной картине распределения разрывов. Построены алгоритмы и создан пакет программ, позволяющий моделировать внешние механические воздействия на молекулы ДНК и анализировать последствия таких воздействий. |
