|
Conference publicationsAbstractsXVII conferenceDirect Computer Simulation of Ferredoxin and Ferredoxin:NADP-redustase InteractionBiological faculty, Lomonosov Moscow State University, Leninskie Gory, Moscow, 119992, Russia 1 pp. (accepted)Ферредоксин, восстановленный фотосистемой I на свету, служит электронным донором для восстановления НАДФ+ до НАДФН и других реакций углеродного, азотного и серного метаболизма. Реакция восстановления НАДФ+ катализируется ферментом ферредоксин:НАДФ+-оксидоредуктазой (ФНР). Кинетика и механизмы связывания ферредоксина и ФНР активно изучались экспериментально при помощи методов сайт-специфического мутагенеза, лазерного флеш-фотолиза и стоп-флоу. Нами была разработана основанная на методе броуновской динамики модель взаимодействия этих двух белков, учитывающая электростатические взаимодействия и форму молекул. В модели молекулы белков диффундируют в кубическом реакционном объеме под действием случайной броуновской силы. Несмотря на то, что наша модель не учитывает конформационные перестройки белков и электронный транспорт, она позволяет оценить вклад электростатических взаимодействий и константы скорости связывания белков [1,2]. При помощи модели мы исследовали кинетику взаимодействия диких типов и мутантных форм ферредоксина и ФНР при разных значениях ионной силы. Полученные в модели константы скорости второго порядка сравнили с экспериментальными данными и получили качественное соответствие. Моделирование показало, что электростатические взаимодействия играют важную роль во взаимодействии ферредоксина и ФНР и определяют его специфичность. |
