Русский

Conference publications

Abstracts

XXVII conference

Selection and short sequence repeats (SSR) in Cyprinidae family

Tykhonov A.Yu., Orlov M.A.1

Группа компаний «Аква Лого», Россия, 109263, Москва, ул. Шкулёва,д.9, корп.2, помещ. 4, +7-965-148-95-13, +7-499-745-00-66 andrew693@mail.ru

1Институт биофизики клетки РАН - обособленное подразделение ФГБУН ФИЦ «Пущинский научный центр биологических исследований РАН», Росси, 142390, Пущино, ул. Институтская, д.3, +7-4967-73-94-04, orlovmikhailanat@gmail.com

1 pp. (accepted)

Представители семейства Карповых характеризуются сложной картиной полиплоидности, образованием сложных гибридов и хромосомными перестройками [1]. Показано, что в генах, кодирующих активно отбираемый в ходе селекции признак, длина коротких тандемных повторов (SSR) может коррелировать (в том числе количественно) с выраженностью кодируемого признака [2]. Способность SSR к экспансиям и сокращениям связана с изменением скорости мутационного процесса ДНК [3].

В работе рассмотрены полные наборы SSR 28 рыб семейства карповых, полученных из базы данных FishMicrosat [4]. Для наборов SSR проведен статистический анализ размеров и нуклеотидной последовательности. Для каждого набора рассчитана удельная представленность олигонуклеотидов (ди-, три- и тетра-) и проведен иерархический кластерный анализ. Полученные в результате два кластера хорошо согласуются с тем, разводятся ли соответствующие виды в неволе. При анализе и соответствующей визуализации с помощью метода главных компонентов (PCA) первичной структуры соответствующих им SSR выявлено, что включающий большинство культивируемых рыб кластер отличает большее количество TG-(CA-)богатых последовательностей при его обеднении AG-(TC-)динуклеотидами.

Таким образом, разведение представителей Cyprinidae в неволе коррелирует с преобладанием пар TG; такие рыбы склонны иметь единичные повторы, превосходящие длиной большинство других SSR. Кластеризация частоты встречаемости олигонуклеотидов в наборах SSR успешно выделила две группы - дикие/разводимые рыбы.

Литература

1) Boron A., Spoz A., Porycka K. et al. Comparative Cytogenetics. 2014, V. 8(3), P. 233–248.

2) Fondon J. W., Garner H. R. // 2004, V. 101(52), P. 18058–18063.

3) K. T. Xie, G. Wang, A. C. Thompson et al. // Science. 2019. V. 363. P. 81–84. DOI: 10.1126/science.aan1425.

4) Nagpure N.S., Rashid I., Pati R. et al. BMC Genomics. 2013, V. 14, P. 630.



© 2004 Designed by Lyceum of Informational Technologies №1533