English

Архив публикаций

Тезисы

XVII-ая конференция

Роль различных межмолекулярных взаимодействий в докинге гуанин-содержащих лигандов

Балицкая Е.Д.1, Пырков Т.В.2, Ефремов Р.Г.

elizaveta.balitskaya@gmail.com

1  стр. (принято к публикации)

Гуанин-содержащие соединения – важный класс низкомолекулярных биорегуляторов. На основе гуанина создано целое поколение противовирусных препаратов. В связи со свойством вирусов развивать резистентность к различным видам антибиотиков появляется необходимость вести поиск новых и модернизировать уже существующие препараты.

При этом неизбежно возникает задача докинга лекарственных веществ и их прототипов (лигандов) в активные центры белков-мишеней (рецепторов).

В данной работе на основе программы PLATINUM (http://model.nmr.ru/platinum/), было проведено исследование структурно-функциональных особенностей молекулярного узнавания гуанин-содержащих лигандов рецепторами. Анализ структур атомного разрешения комплексов таких лигандов с различными белками, взятых из базы данных PDB, позволил выявить, что особо важную роль при этом играют помимо гидрофобных и стэкинг-взаимодействий особые мотивы водородных связей гуанин-белок.

Кроме того, был разработан интегральный оценочный критерий, включающий комбинацию термов, описывающих отдельные водородные связи (с атомами N2 и N6 гуанинового основания), стэкинг-контакты и гидрофобные взаимодействия. Его использование позволяет точнее идентифицировать верную ориентацию лиганда в активном центре белка по сравнению с оценочной функцией программы GOLD (Jones et al., J Mol Biol 267, 727-748, 1997).

Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (гранты № 07-04-01514-a, 09-04-13813-офи_ц), программ РАН «Молекулярная и клеточная биология» и «Основы фундаментальных исследований нанотехнологий и наноматериалов» и Федерального агенства по науке и инновациям в поддержку ведущих научных школ (грант НШ-4728.2006.4).



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533