|
Архив публикацийТезисыXXI-ая конференцияКомпьютерный анализ вторичных структур инулиназ из различных продуцентовВоронежский государственный университет, биолого-почвенный ф-т, каф. биофизики и биотехнологии, Россия, 394006, г. Воронеж, Университетская пл. 1, тел.: +7(4732)208-586, факс: +7(4732)208-308 1 стр. (принято к публикации)В настоящее время в исследовании биокатализаторов достаточно актуальны проблемы изучения их структурных особенностей, объяснения механизма катализа, идентификации функциональных групп активных центров. При изучении молекулярных механизмов действия гидролаз, как правило, не достаточно исследования структурно-функциональных свойств биохимическими методами, необходимо осуществление детального анализа белковых макромолекул на всех уровнях их организации. С этой целью нами был проведен сравнительный анализ вторичных структур инулиназ из разных продуцентов. Сведения об аминокислотных последовательностях инулиназ получали в National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.hin.gov/Entrez). Соотношение упорядоченных и неупорядоченных структур в составе молекул инулиназ определяли с помощью трех программ: 1) CFSSP (Chou-Fasman Secondary Structure Prediction) - самый известный метод предсказания вторичных структур белка. Он основан на вероятностной модели «склонности» аминокислот к расположению в различных конформациях, определенной по частотам их встречаемости в базовом наборе белков. Метод основан на анализе относительной частоты нахождения каждой аминокислоты в составе α-спиралей или β-слоев (http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/). 2) GOR (Garnier-Osguthorpe-Robson) - метод основан на определении вероятности соответствия количества α-спиралей, β-слоев и неупорядоченных структур параметрам, полученным для известного белка с помошью рентгеновской кристаллографии. Однако, в отличие от CFSSP, метод GOR учитывает не только «склонности» индивидуальных аминокислот, но также и вероятность образования α-спирали или β-слоя с учетом соседних аминокислот (http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html). 3) SOPMA (Self-Optimized Prediction Method with Alignment) - является улучшенной версией метода SOPM, основанного на методе Левина (http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html). Сопоставление вторичных структур инулиназ показало, что соотношение количества α-спиралей, β-слоев и неупорядоченных участков в молекулах инулиназ из различных продуцентов отличается высокой вариабельностью, и поэтому на основе полученных нами данных трудно однозначно выявить зависимость между структурными особенностями фермента и его физико-химическими и кинетическими свойствами. Для этого полученные нами расчеты необходимо сопоставить с данными ИК-спектроскопии, кругового дихроизма, ренгеноструктурного анализа. |