Архив публикаций

Исследование параметризации топологических методов расчета частичных атомных зарядов для воспроизведения ab initio молекулярного электростатического потенциала

Шульга Д. А., Олиференко А. А., Писарев С. А., Палюлин В. А., Зефиров Н. С.

Россия, Москва

"Математика. Компьютер. Образование". Cб. трудов XII международной конференции. Под общей редакцией Г.Ю. Ризниченко Ижевск: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика", 2005. Том 3, 344 стр. Стр. 1101-1112.

Исследована возможность описания молекулярного электростатического потенциала (МЭП) при помощи кулоновского потенциала с атомными зарядами, рассчитанными топологическими методами, разработанными ранее. Для этого проведена оптимизация параметров для минимизации невязки рассчитываемых зарядов и RESP-зарядов, полученных из МЭП в приближении Хартри-Фока (6–31G*), которые хорошо воспроизводят МЭП на выборке из 46 разнообразных органических структур. Полученная параметризация подтверждается на контрольной выборке из 9 структур, не вошедших в обучающую выборку. Полученные заряды могут использоваться для расчета электростатического компонента для многих силовых полей, применяемых в биомолекулярном моделировании.

• открыть в PDF формате