|
PresentationsOn the movement of kinks with a non-zero initial velocity in the pPF1 plasmidSiberian State Medical University, 634050 Tomsk, Moscow traсt 2, Russia Institute of Cell Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290 Pushchino. Institutskaya str. 3, Moscow region, Russia Tomsk State University, 634050 Tomsk, Lenin Avenue 36, Russia В настоящей работе представлены результаты расчетов траекторий движения кинков в плазмиде pPF1. В отличие от других работ этого направления мы рассмотрели случай ненулевой начальной скорости. Для построения траекторий была использована математическая модель Гриневича и соавторов [1], созданная, для имитации движения транскрипционных пузырей, образующихся в результате взаимодействия РНК полимеразы с промоторами ДНК в начальной стадии процесса транскрипции. В рамках этой модели движение транскрипционных пузырей вдоль двойной спирали ДНК рассматривается как движение квазичастиц – кинков, в потенциальном поле ДНК. Модель учитывает не только эффекты диссипации, но и влияние постоянного торсионного момента ДНК. В работе представлен энергетический профиль потенциального поля плазмиды pPF1, последовательность которой включает гены красного и зеленого флуоресцентных белков. При проведении расчетов предполагалось, что начальное положение кинка находится в центре самой узкой и глубокой ямы в энергетическом профиле. Направление движения задавалось в сторону самого высокого барьера. Мы рассчитали пороговое значение торсионного момента, необходимое для преодоления этого барьера
Presentation |
